Onderzoek en monitoring zijn essentieel bij Natura 2000-beheermaatregelen. Hierdoor weet de beheerder wat de Staat van Instandhouding (SvI) per aangewezen doelsoort is. Zonder onderzoek en monitoring is het erg moeilijk om te weten of de instandhoudingsdoelstellingenvan de doelsoorten worden behaald. Onderzoek en monitoring zijn beide belangrijk vanwege verschillende redenen. Onderzoek houdt in dat er per Natura 2000 instandhoudingsdoelstelling wordt onderzocht wat de reden is voor een af- of toename van areaal of aantallen. Ook kunnen er vergelijkingen worden gemaakt tussen dezelfde aangewezen instandhoudingdoelstelling binnen verschillende Natura 2000-gebieden, vooral instandhoudingsdoelstellingen van de Vogelrichtlijn en Habitatrichtlijnsoorten. Onderzoek is belangrijk omdat het antwoorden en oplossingen oplevert die van groot belang zijn om de SvI van een aangewezen doelsoort te behouden of te verbeteren. Monitoring binnen Natura 2000-gebieden is net zo belangrijk als onderzoek. Door monitoring kunnen veranderingen binnen een Natura 2000-gebied worden opgemerkt. Als er op reguliere basis wordt gemonitord, worden veranderingen snel waargenomen. Indien deze veranderingen negatief zijn, kan er tijdig worden gehandeld om de negatieve effecten te mitigeren. Dit kan ervoor zorgen dat er weer een positieve trend ontstaat in bijvoorbeeld het aantal broedparen of de aantallen van een soort die is aangewezen als instandhoudingsdoelstelling binnen het Natura 2000-gebied. Om het effect van de veranderingen te achterhalen, moet er onderzoek worden gedaan. Onderzoek en monitoring ondersteunen elkaar en hebben positieve effecten als ze samen worden uitgevoerd. Dit kan ervoor zorgen dat er snel een juiste beheermaatregel of actie kan worden genomen door te onderzoeken wat het effect van de actie is. Ook kan er kan worden gekozen om niet te handelen en verdere ontwikkelingen af te wachten door te monitoren.
