Driekwart van het totale oppervlak van het meer wordt ingenomen door open water, het overige areaal wordt ingenomen door de voormalige schorren en drooggevallen slikken en platen en aangelegde eilanden.
Krammer-Volkerak
Langs de oevers van het Krammer-Volkerak worden verschillende deelgebieden onderscheiden, met min of meer specifieke kenmerken. De oorspronkelijke Krammerse Slikken, langs de dijk bij Oude Tonge, zijn slechts voor een gedeelte drooggevallen. Het grootste gedeelte ligt onder water en vormt het grootste oppervlak aaneengesloten ondiepwatergebied in het Krammer-Volkerak. In het noordoosten liggen de Hellegatsplaten. Kenmerkend voor dit gebied zijn de vele geulen. In het noordoostelijk deel van het Krammer-Volkerak liggen nog twee kleinere drooggevallen gebieden: de schorren bij Ooltgensplaat aan de Zuid-Hollandse kant van het meer en de Slikken bij de Sabina Henricapolder aan de Noord-Brabantse kant. In het zuiden van het Krammer-Volkerak liggen de Dintelse Gorzen en de Slikken van de Heen. Deze oevergebieden worden van elkaar gescheiden door de monding van de Steenbergse Vliet. Kenmerkend voor deze gebieden zijn de schorren met diep ingesneden kreken en plaatselijk hoge oeverwallen. De Slikken van de Heen zijn bij de aanleg van het Schelde-Rijnkanaal doorgraven en bestaan thans uit de Slikken van de Heen Oost en de Slikken van de Heen West. In het westelijke deel ligt een ondiepwatergebied met net boven het water uitstekende platen. Ten westen van de Slikken van de Heen ligt de Plaat van de Vliet.
Zoommeer
Tien procent van het totale oppervlak van het Zoommeer en de Eendracht tezamen bestaat uit drooggevallen gronden, de rest uit open water. In het Zoommeer zijn na de afsluiting alleen slikken en platen drooggevallen. Dit zijn de Speelmansplaten langs de Oesterdam, een deel van de voormalige Molenplaat en de Boereplaat en een groot deel van de Prinsesseplaat. Aan de westkant van de Eendracht zijn restanten van de oorspronkelijke schorgebieden drooggevallen: de schorren bij de Hollarepolder en de Schorren bij Botshoofd. Ook in het Zoommeer zijn op de voormalige intergetijdenplaten eilandjes aangelegd. Nabij het Zoommeer bevindt zich een beschermingszone voor (kwetsbare) grondwaterwinning, waar zich ook enkele door de Provincie Noord-Brabant aangewezen (natte) natuurparels bevinden. Dit gebied is ook een zogenaamd Belvedère, met een hoge concentratie cultuurhistorische waarden.
