De uitvoering van dit project vindt plaats volgens het principe van Systeemgerichte Contract Beheersing. Dit houdt in dat de directie meer dan voorheen op de kwaliteitsborging toetst en minder dan voorheen zich directief, sturend en controlerend op het werk manifesteert. De werkzaamheden voor de aannemer nemen hierdoor toe, omdat op papier duidelijk gemaakt moet worden dat de in het bestek gedefinieerde werkzaamheden op een goede, bewijsbare manier zijn uitgevoerd. Dit geldt voor de verbetering van de glooiingen van de Molenpolder, de Stormesandepolder en de Van Haaftenpolder. Omdat pas nadat de overeenkomsten met de aannemer waren tot stand gekomen door de directie is aangekondigd dat via het nieuwe systeem voor contractbeheersing wordt gewerkt heeft de aannemer voor de extra kosten die dit heeft meegebracht een rekening ingediend. Na discussie is een totaalbedrag vastgesteld, dat is uitbetaald op het bestek van de Stormesandepolder.
Tijdens de uitvoering zijn er altijd onvoorziene omstandigheden die het nodig maken dat wordt afgeweken van het bestek. Deze wijzigingen worden door de aannemer vastgelegd in afwijkingsrapporten. Na goedkeuring van de directie wordt een vaststellingsovereenkomst opgesteld de kosten van meer- en minderwerk worden benoemd. Hierna kan de aannemer een rekening indienen. Het gaat hier onder meer over extra breuksteen ter plaatse van slappe bodem, het aanbrengen van een kleilaag die niet aanwezig bleek te zijn, het plaatsen van biggenruggen ter plaatse van de haven, de afvoer van vervuilde mijnsteen en het inkorten van begrootte trappen (minderwerk)
